1. مراجعة وتدقيق البيانات الجمركية بجميع أنواعها (بيان الاستيراد، التصدير، التصفية الفورية، إعادة التصدير والبيان الإحصائي الوارد والصادر) والتأكد من اكتمال متطلبات البيانات الجمركية بمجرد انتهاء إجراءاتها في المنافذ الجمركية وخروج الإرساليات الواردة أو الصادرة من الدائرة الجمركية.
2. معالجة الأخطاء التي تنشأ لأي سبب كان أولاً بأول مع الجمرك المعني الذي صدر منه الخطأ لتلافيها مستقبلاً.
3. ضمان العدالة في استيفاء الرسوم الجمركية.
4. إحكام الرقابة على الإجراءات الجمركية.
5. المحافظة على المال العام.
6. قياس مستوى الأداء الجمركي ودقة التنفيذ.
7. مراجعة البيانات الجمركية للتأكد من صحة استيفاء الرسوم الجمركية واكتشاف الأخطاء ومن اكتمال المستندات المرفقة مع البيانات ومخاطبه الجهات ذات العلاقة للاستفسار والمناقشة عن أي ملاحظات يتم اكتشافها على البيانات أثناء التدقيق ، وإعداد مذكرات بالفُروقات المكتشفة تمهيداً لإرسالها إلى المنافذ الجمركية للمطالبة بتحصيل الفرق.
8. متابعة تحصيل هذه الفُروقات حيث تقوم الإدارة بتسجيل مبالغ الفُروقات التي يكتشفها المُدققون والمُدققات وإدراجها في برنامج الفُروقات الآلي لمتابعه تســديدها عن طريق المنافذ الجمركية ويعد من أجل ذلك خطابات مطالبة بالفُروقات موجهة آليا للمنافذ الجمركية لمطالبة المستوردين بتسديد الفرق ، وبعد التسديد بنظام سداد تعاد البيانات إلى قسم المستندات للحفظ.
9. استقبال جميع البيانات الجمركية من المنافذ الجمركية شهرياً ويتم مطابقتها وفهرستها وتخزينها ، وتزويد الإدارات المختصة وأقسام الإدارة بالبيانات حسب طلبها كما تتولى إتلاف البيانات التي مضي عليها أكثر من خمس سنوات.
10. دراسة المعاملات الخاصة بمطالبات المستوردين باستعادة الرسوم الجمركية عن البضائع المعفية أو المعاد تصديرها أو البضائع التي تم استيفاء رسومها بالزيادة والتأكد من استكمال مسوغات الاستبعاد وصحة قرارات الإعفاء وتطابقها مع بيانات الاستيراد التابعة للمطالبة وصحة إجراءات إعادة التصدير ، وإرسال المعاملات المكتملة إلى الإدارة العامة للإيرادات لإنهاء إجراءات الصرف.
11. متابعة مطالبات المملكة لدى دول مجلس التعاون وسرعة رفع تلك المطالبات والتأكد من تحويلها.
12. متابعة تسديد مطالبات دول مجلس التعاون على المملكة والتأكد من تحويلها.
13. تدقيق المطالبات المستحقة على المملكة أو على دول مجلس التعاون.
14. التنسيق مع الإدارة العامة للتقنية لمراجعة آلية المقاصة والعمل على تحسين ذلك عند وجود ملاحظات آلية.
15. حضور اجتماعات وورش العمل الخاصة بالمقاصة التي تعقد بدول مجلس التعاون.
16. التنسيق مع المنافذ الجمركية المقابلة من دول المجلس لمعالجة المواضيع ذات العلاقة بالمقاصة.